NAR | 宋伟宏院士团队发布人类基因扰动转录组数据分析平台GPSAdb

发表时间:2023-01-17     来源:

2022年11月26日,宋伟宏院士团队和重庆医科大学附属第一医院乳腺甲状腺外科刘胜春课题组合作在Nucleic Acids Research(2022年IF19.16)杂志上以“GPSAdb: a comprehensive web resource for interactive exploration of genetic perturbation RNA-seq datasets”为题在线发表研究论文。

该研究构建了目前最大的人类基因扰动转录组数据平台。

( https://www.gpsadb.com/ , http://guotosky.vip:13838/GPSA/ )

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该平台系统收集、整理并分析了3048组涵盖13117个样本的基因扰动转录组数据,并且开发了一系列基于扰动数据的分析方法和可视化工具,包Browse、Query、Mediator、enrichGPSAGPSAGPSAdb提供了对用户友好并且符合直觉的分析界面,使用起来十分便捷。Browse工具使得科研工作者可以轻松探索和分析当前的3048RNA-seq数据。Query工具可以用于探索哪些基因扰动后会影响用户输入基因的表达。该平台还整合了课题组开发的衍生工具GPSA(Genetic Perturbation Similarity Analysis,基因扰动相似性度量 ),用于计算转录组数据间扰动的相似性,用户只需要上传转录组的差异分析结果GPSA就可以在既往的3048RNA-seq计算出哪个基因敲减后的数据跟你的结果最像,从而帮助科研工作者确定药物处理、基因敲减,以及细胞状态改变中参与的重要分子和通路。当前GPSAdb2.0版本已经在开发中,将会继续更新已有的Bulk RNA-seq数据,并且进一步整合基于CRISPR-screen和单细胞技术的扰动数据。


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重庆医科大学附属第一医院乳腺甲状腺外科刘胜春教授、瓯江实验室主任宋伟宏院士为本文共同通讯作者。




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